(ক) ঔষধের মাধ্যমে চিকিৎসাঃ নিয়ম মেনে নিয়মিত চিকিৎসকের পরামর্শ নিলে রোগটি যথেষ্ট নিয়ন্ত্রণে থাকে। ঔষধ সেবনের দ্বারা এটি নিয়ন্ত্রণ করা সম্ভব। চিকিৎসক সাধারণতঃ কিছু পেইন কিলার দিয়ে ব্যথা প্রশমিত করে থাকেন। এতে কাজ না হলে বিভিন্ন হরমোন প্রয়োগ করে থাকে। ব্যথা কমতে থাকে এবং ধীরে ধীরে রোগটি সারতে থাকে ও সিস্ট ছোট হয়ে যায়। স্বল্পব্যয়ে চিকিৎসা করার জন্য কখনও কখনও চিকিৎসক জন্ম নিয়ন্ত্রণের বড়ি খাওয়ারও পরামর্শ দিয়ে থাকেন।

এছাড়া আরও বিভিন্ন ধরণের ঔষধ দিয়েও চিকিৎসা করা হয়, এতে রোগের উপশম হয়; কিন্তু চিকিৎসা চলাকালে বাচ্চা হওয়া সম্ভব নয়।

উল্লেখ্য যে, বিভিন্ন দীর্ঘমেয়াদী পার্শ্বপ্রতিক্রিয়ার কারণে চিকিৎসকের পরামর্শ ছাড়া ঔষধের সেবন সম্পূর্ণরূপে নিষেধ।

(খ) অপারেশনের মাধ্যমে চিকিৎসাঃ চিকিৎসায় এন্ডোমেট্রিওসিস রোগ পুরোপুরি সারিয়ে তোলা যায় না। কারণ এটি একটি recurrent disease; অর্থাৎ বারবার হতে পারে। তাই দুই ডিম্বাশয়সহ জরায়ু অপসারণ (complete hysterectomy) করাই এর কার্যকর চিকিৎসা। যে অঙ্গ-প্রত্যঙ্গে এন্ডোমেট্রিওসিস হয়েছে সেগুলো ধীরে ধীরে টিউমারের আকার ধারণ করতে পারে। তখন তা অপারেশনের মাধ্যমে অপসারণ করতে হয়। কখনও কখনও দুই ওভারি ও জরায়ু অপসারণ করা হয় (যাদের বয়স বেশি এবং বাচ্চা আছে তাদের জন্য প্রযোজ্য, যাদের বয়স কম এবং বাচ্চা হয়নি তাদের জন্য এটা করা সম্ভব নয় তাই এব্যপারে চিকিৎসকের পরামর্শ গ্রহণ করাই উত্তম)।

(গ) বন্ধ্যাত্বের চিকিৎসার মাধ্যমেঃ যাদের এন্ডোমেট্রিওসিস আছে তাদের ৫০ শতাংশেরই সন্তান হতে অসুবিধা হয়। পেট কেটে বা ল্যাপারোস্কপির মাধ্যমে তাদের চিকিৎসা করা হয়। তবে ল্যাপারোস্কপিই উত্তম চিকিৎসা পদ্ধতি। কখনও কখনও রোগ বেশি জটিল পর্যায়ে গেলে অপারেশন না করে চিকিৎসক টেস্টটিউব চিকিৎসা নেওয়ারও পরামর্শ দিয়ে থাকেন।